R语言 ROC曲线 截断值、特异性、敏感性和曲线下面积AUC值的计算和显示

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R语言 ROC曲线 截断值、特异性、敏感性和曲线下面积AUC值的计算和显示

R语言绘制ROC曲线在临床医学中的应用

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#计算体脂率对诊断妊娠期糖尿病的ROC曲线、截断值

sumExcel1.2018合4_列合并症<- read.csv(“C:\Users\Desktop\sumExcel1_2019071.csv”,sep = “,”,header = TRUE)#读取数据，excel中数据格式如下图，数据有空值，符合实际应用情况

attach(sumExcel1.2018合4_列合并症)

print(sumExcel1.2018合4_列合并症)

#options(scipen = 1000)#样本超过一千才使用科学计数法

#var2 <- sumExcel1.2018合4_列合并症[c(‘体脂百分百_percent’,诊断妊娠期糖尿病0正常1 患病’)]

var2 <- subset(sumExcel1.2018合4_列合并症,

!is.na(sumExcel1.2018合4_列合并症[‘体脂百分百_percent’])&

!is.na(sumExcel1.2018合4_列合并症[‘诊断妊娠期糖尿病0正常1患病’]),

select=c(‘体脂百分百_percent’,诊断妊娠期糖尿病0正常1患病’))

#install.packages(“pROC”)#此程辑包要求R版本更新至3.5.1以上，仅第一次使用需要安装

library(pROC)#载入pROC包

modelroc <- roc(var2$'诊断妊娠期糖尿病0正常1患病',var2$′诊断妊娠期糖尿病0正常1患病′,var2’体脂百分百_percent’)#计算体脂率对诊断妊娠期糖尿病的ROC曲线

plot(modelroc, print.auc=TRUE, auc.polygon=TRUE, grid=c(0.1, 0.2),

grid.col=c(“green”, “red”), max.auc.polygon=TRUE,#设置坐标系网格纵、横坐标虚线分别为绿色、红色，曲线上颜色T灰色F无色，显示AUC曲线下面积

auc.polygon.col=“skyblue”, print.thres=TRUE)#设置曲线下填充天蓝色

detach(sumExcel1.2018合4_列合并症)

体脂率判断妊娠期糖尿病的ROC曲线如下图，其曲线下面积AUC最大值0.61，对应截断值13.500kg，特异性0.402、敏感性0.793，说明体脂率高达13.5kg时判断妊娠期糖尿病发生的敏感性为79.3%，特异性为40.2%，（临床意义）使用该指标进行妊娠期糖尿病风险筛查具有较好的意义，但其确诊把握不足。